ศาสตราจารย์ เอ็กซ์ได้ส่งจีน เกรย์และสตอร์มไปหาไนท์ครอว์เลอร์เพื่อชักชวนมาร่วมทีม และก็ประสบผลสำเร็จ อีกด้านหนึ่งตัวศาสตราจารย์และสก็อตต์ได้เดินทางไปหาวิลเลี่ยม สไตรเกอร์แต่ก็ถูกจับตัวไว้ อีกด้านหนึ่งคฤหาสถ์เซเวียร์ถูกโจมตีโดยวิลเลี่ยม สไตรเกอร์ซึ่งโลแกนหรือวูลฟ์เวอรีนได้พูดคุยกับบ๊อบบี้ วูลฟ์เวอรีนได้พบว่ากระดูกอะดาแมนเทียมของเขานั้นเป็นฝีมือของสไตรเกอร์ แต่วูลฟ์เวอรีนสู้กับกองทัพของสไตรเกอร์ไม่ไหวจึงพาบ๊อบบี้และแอนนาหนีไป ต่อมาพวกเขาก็ได้มารวมตัวกับพวกสตอร์ม และเดินทางไปช่วยเหลือศาสตราจารย์ เซเวียร์และสก็อตต์ โลแกนได้สู้กับเลดี้เดธสไตร์คตัวต่อตัวจนเกือบตายแต่ก็ได้ชัยชนะกลับมา และได้ขู่และทำร้ายสไตรเกอร์ แต่ระหว่างทางกลับได้เกิดคลื่นยักษ์ซัดถล่มมาที่ยานของพวกโลแกน จีนใช้พลังหยุดคลื่นเอาไว้ถ่วงเวลาไม่ให้คลื่นซัดยาน แต่สก็อตต์ไม่ยอม ยานได้ขึ้นอย่างปลอดภัยแต่จีนได้ถูกคลื่นซัดจนหายไป จึงทำให้ทุกคนเชื่อว่าจีนได้เสียชีวิตไปแล้ว สก็อตต์จึงได้นั่งร้องไห้เสียใจต่อมา
Several months have passed since the X-Men defeated Magneto and imprisoned him in a seemingly impregnable plastic chamber. One day, a mutant by the name of Nightcrawler infiltrates the White House and attempts to assassinate the President, setting off a chain reaction of anti-mutant measures by the government. Meanwhile, Logan is trying to discover his past. As scientist named William Stryker discovers Professor X’s secret school and Cerebro, Magneto’s partner, Mystique, is planning to break her leader out of prison. But when Professor X’s school is attacked by Stryker’s forces, Logan, Rogue, Iceman, and a few are lucky to escape. Those who remain meet in Boston, where they form an uneasy alliance with Magneto to stop Stryker and rescue Professor X. Written by John Wiggins